În primele zile ale războiului, are loc pogromul de la Iaşi, în urma căruia au murit între 13 266 şi 14 850 evrei, unii executaţi pe loc, alţii sufocaţi de sete, foamete şi lipsă de aer în „vagoanele morţii”.
Urmează o serie de pogromuri la Sculeni şi alte localităţi basarabene cu o pondere ridicată de evrei, împotriva evreilor care au sprijinit sau se credea că au sprijinit autorităţile sovietice, ori care ar fi participat la organizarea deportărilor în masă din 12-13 iunie 1941 şi la alte represiuni împotriva basarabenilor din primul an de ocupaţie sovietică.
Realitatea era însă că însiși evreii fuseseră printre victimele represiunii sovietice, numai din câteva orașe basarabene precum Chișinău, Bălți, Bender, Cahul și altele, fiind deportați în 12-13 iunie 1941 1468 evrei, ceea ce constituia 32,2 %, adică aproape o treime, din numărul total al celor deportați din aceste orașe.
Aceste pogromuri sunt alimentate de propaganda oficială românească, dar şi de armata germană. Pe teritoriul Basarabiei acţionează detaşamente speciale ale SS care aveau misiunea de a identifica şi extermina evreii, Einsatzgruppe D.
Rolul armatei române nu trebuie însă subestimat în această privinţă, existând ordine clare de incitare a populaţiei locale faţă de evrei şi de încurajare de a purcede la exterminarea acestora. Un ordin de acest fel a fost dat generalului Ilie Şteflea, iar aghiotantul său, generalul Ioan Topor, avea însărcinarea de a urmări executarea. La masacrarea evreilor din Basarabia participă și populația civilă.
Rolul lui Ion Antonescu, Conducătorul statului român, în declanșarea Holocaustului nu poate fi subestimat, or acesta a declarat într-o şedinţă a Preşedinţiei Consiliului de Miniştri din vara lui 1941 următoarele:
„Aşa că vă rog să fiţi implacabili, omenia siropoasă, vaporoasă, filozofică nu are ce căuta aici… Cu riscul de a nu fi înţeles de unii tradiţionalişti care mai pot fi printre dv., eu sunt pentru migrarea forţată a întregului element evreu din Basarabia şi Bucovina, care trebuie zvârlit peste graniţă… Veţi fi fără milă cu ei….Nu ştiu peste câte veacuri neamul românesc se va mai întâlni cu libertatea de acţiune totală, cu posibilitatea de purificare etnică şi revizuire naţională… Este un ceas când suntem stăpâni pe teritoriul nostru. Să-l folosim. Dacă este nevoie, să trageţi cu mitraliera. Îmi este indiferent dacă în istorie vom intra ca barbari… Îmi iau răspunderea în mod formal şi spun că nu există lege… Deci, fără forme, cu libertate completă”.
Epurarea Basarabiei şi a Bucovinei de Nord de evrei (în a doua provincie doar parţial), a avut loc prin două metode. Prima era arestarea şi împuşcarea imediată a evreilor, care a avut loc în numeroase localităţi basarabene. În oraşe şi târguri de obicei execuţiile erau efectuate de armată, iar în localităţile rurale, de Legiunile de jandarmi. De exemplu, la 6 iulie 1941, Armata română a executat 500 de evrei din Edineţ, în nordul Basarabiei; pe 7-8 iulie a urmat lichidarea evreilor din Pârliţa, Bălţi, Briceni, Lipcani, Făleşti, Mărculeşti, Floreşti, Gura Camencii, Gura Căinarului; pe 12 iulie au fost executaţi 300 de evrei din Climăuţi, judeţul Soroca; pe 10 iulie au fost împuşcaţi 3500 evrei la Cetatea Albă. Trupele speciale germane, Einsatzgruppe D, însărcinate cu identificarea şi exterminarea evreilor, au omorât în luna iulie 682 evrei în Cernăuţi, 551 în Chişinău, 155 în Tighina. În total, la 19 august 1941, aceste detaşamente uciseră alte 4 425 evrei numai în zona cuprinsă între Hotin şi Iampol.
A doua fază a represiunilor împotriva evreilor din Basarabia este concentrarea lor în ghetouri şi lagăre, după care a urmat deportarea lor peste Nistru. La 24 iulie 1941, prin ordinul nr. 61 a generalului Constantin Gh. Voiculescu s-a luat decizia de înfiinţare a ghetourilor şi lagărelor de concentrare pentru evrei. Cea mai mare concentrare de evrei a fost la ghetoul din Chişinău, unde la sfârşitul lui august-începutul lui septembrie 1941 erau concentraţi 11 375 evrei, alcătuind 5 357 familii.
În total, erau cel puţin cca. 45 000 evrei basarabeni rămaşi în provincie după retragerea autorităţilor sovietice şi revenirea administraţiei româneşti (august-septembrie 1941). După alte date, cifra se ridica la 55 867, dar cel mai probabil era vorba de 80 mii evrei, o cifră care includea vreo 25 mii „care au murit de moarte naturală, au evadat sau au fost împuşcaţi”.
Din Bucovina (inclusiv Hotin şi Dorohoi, parte componentă a Guvernământului Bucovina) au fost deportaţi peste Nistru 91 485 evrei. Au fost exceptaţi de la deportare 19 475 evrei din Bucovina (inclusiv Dorohoi), dintre care 16 794 trăiau la Cernăuţi, fiind salvaţi de primarul de Cernăuţi, Traian Popovici.
În Transnistria au murit sau dispărut fără urmă între 105 mii şi 121 mii evrei basarabeni, bucovineni, din Vechiul Regat şi sudul Transilvaniei, şi alţi între 150 mii şi 180 mii evrei ucraineni. În total, în teritoriile României sau administrate de guvernul de la Bucureşti (Transnistria) au dispărut între 280 mii şi 380 mii evrei români şi ucraineni. În această cifră intră cei exterminaţi între Nistru şi Bug, dar şi cei executaţi în primele luni ale războiului în pogromul de la Iaşi, Basarabia şi Bucovina de Nord (între 60 de mii şi 80 de mii). Mulţi din aceştia fusese ucişi de trupele SS germane, de poliţia germană sau de populaţia civilă germană din Transnistria.
O altă parte importantă de evrei din ghetourile din Transnistria fusese omorâţi de poliţişti ucraineni. Numai între 21 decembrie 1941-8 ianuarie 1942, trupe ale naţionaliştilor ucraineni au împuşcat cca. 48 mii evrei. Au fost deportaţi în Transnistria şi cca. 25 mii de romi (ţigani), dintre care 11 mii au murit din varii motive, precum lipsuri, frig, boli etc.
Au existat numeroşi oameni de rând, ostaşi şi ofiţeri ai armatei, oameni politici sau de cultură români care au simpatizat cu evreii sau au intervenit în favoarea lor, printre aceştia Regina-mamă; Traian Popovici, Dr. Nicolae Lupu, Ghiţă Pop, Ion Mihalache, Gheorghe Brătianu, Iuliu Maniu, Dinu Brătianu. Unii şi-au riscat viaţa pentru a salva evrei, fiind distinşi cu titlul de „Drepţi între Popoare” de către Yad Vashem din Tel-Aviv (63 persoane din România şi 31 din Republica Moldova, majoritatea lor fiind oameni simpli).